De la Prehistoria e Historia Antigua cuenta con uno de los yacimientos arqueológicos mejor estudiados, Las Atalayuelas, del II milenio a. C. Abandonada durante un tiempo, fue poblada nuevamente en el I milenio a. C. hasta la etapa ibérica en la que se construyó una fortaleza. En la etapa romana se produjo una reestructuración urbanística de las Atalayuelas y se transformó su paisaje con el modelo del catastro romano y la aparición de numerosas casas de labor.

Con la invasión islámica siguió siendo refugio defensivo hasta ser abandonado a finales del siglo IV, mientras surgía un nuevo asentamiento en el actual casco urbano, que se consolidó gracias a disponer de un manantial y a su estratégica situación en el camino que comunicaba Andújar con Jaén y Arjona. Entre los siglos XI y XIII se construyó una fortificación para defensa propia y de la ciudad de Jaén.

Ya en manos castellanas se amplió el conjunto defensivo al ser punto fronterizo entre las tierras de realengo y las de la Orden de Calatrava, siendo testigo de las luchas entre partidarios de Enrique IV, capitaneados por Lucas de Iranzo, y los rebeldes dirigidos por el Maestre de la Orden, D. Pedro Girón.

En la Edad Moderna vive un periodo de prosperidad en el S. XVI, alcanzando los 400 habitantes, y de decadencia en el XVII y XVIII, descendiendo su población a casi la mitad.

El núcleo que con el paso del tiempo daría lugar a la actual población de Fuerte del Rey anteriormente, ya desde tiempos del Condestable Lucas de Iranzo, era conocida como Fuente del Rey, pequeña aldea dependiente del enorme alfoz de la ciudad de Jaén, y así se denominará durante toda la Edad Media hasta 1765, cuando pasa a denominarse como hoy en día se conoce. El municipio finalmente lograría su indepencia de la capital jiennense entre los años 1803 y 1805.

El nombre de Fuente del Rey, según distintas versiones, puede deberse a la existencia en el municipio de una importante fuente de agua, propiedad del Concejo de Jaén, que era de realengo y pertenecía al Rey. Otras opiniones versan sobre su origen en la Fuente de Regomello, que aún existe en la actualidad.

Su configuración urbana actual viene de cuando, tras independizarse de Jaén, muchos habitantes de las casas-cortijos dispersas se construyen viviendas en el casco urbano gracias a las facilidades ofrecidas por el Ayuntamiento en la venta de terrenos. Algunas de estas casas no se construyeron lo bien que cabría esperar, siendo arrastradas por una riada que se produjo en la calle del Pilar en 1856.